질문 내용이 복잡하여 이해하기가 힘듭니다.
홈페이지 주소를 링크시키십시오.
여러 상황에 따른 증상을 알아야 판단이 쉽지 막연히 질문으로 해답을 찾으려는 것은 힘듭니다.

zbxe를 정상적으로 설치가 되었다는 가정하에서
1. 다운로드는 권한은 권한 설정에서 할 수 있습니다.
2. 설정을 하여 권한이 있는데도 다운로드가 안되는 경우는 폴더의 권한이 주어지지 않아서 생기는 현상입니다.
3. 폴더의 권한이 없어 실제로 업로드 되지 않은 경우입니다. 
이 경우 폴더에서 확인하여 보면 파일이 없습니다.

프로그램에서 소스 바꾸는 문제가 아닙니다. 
원래 파일로만 작동이 되는 것입니다.
다른 서버에서 되는데 그 서버에서만 안되면 서버의 문제라고 볼 수 있는 것입니다. 

업그레이드할때 문제가 되는것 같은데요...
제가 업그레이드 한 작업 순서입니다. 잘못한것 있으면 지적 부탁드립니다.

1.일단 db백업한다.
2. files폴더만 두고 다 지운다.
3. 제로 선행 1.0.4다운받아서 설치한다(기존 db삭제 안함 ..)
4. 필요한 모듈과 애드온 업로드한다.


여기까지는 했을때 비회원 첨부파일 다운로드가 가능하더군요.

5.관리 -> 모듈 -> 각종 업그레이드라고 써진곳이 있으면 업그레이드 한다.

이때 부터 비호원 다운로드 가능했으나 이제는 안됩니다. 로그인 하면 가능해지는데요..

아마 설치의 문제인것 같은데 어떻게 해야할까요?
아직 게시판의 숫자가 적으니 다시 홈페이지  작업을 해야겠습니다.
지적 부탁 드리겠습니다.